Dobrovoľníci intenzívne pomáhajú s liekom na koronavírus, dosiahli exaflopový výkon

Značky: distribuované projektyveda a výskum

DSL.sk, 26.3.2020

Záujem pomôcť výpočtovým výkonom k hľadaniu lieku na nový koronavírus SARS-CoV-2 spôsobujúci ochorenie COVID-19 prostredníctvom projektu Folding@home ďalej rástol a výkon zapojených zariadení už prekonal exaflop operácií za sekundu, teda métu výkonu ku ktorej sa pri superpočítačoch snažia veľmoci dostať v nasledujúcich rokoch.

Exaflop operácií za sekundu znamená desať na osemnástu operácií za sekundu.

Zverejňované štatistiky projektu aktuálne ešte ukazujú o niečo menší výkon, 768 teraflopov / s, dosiahnutie hranice exaflopu ale v noci na dnes oznámili prevádzkovatelia projektu.

Výpočtové úlohy vo Folding@home týkajúce sa pomáhania s hľadaním lieku na COVID-19 sú podľa skorších informácií projektu zamerané na simuláciu a lepšie pochopenie ako SARS-CoV-2 a koronavírus SARS-CoV spôsobujúci ochorenie SARS interaguje s receptorom ACE2 v ľudských bunkách a následne do nich vniká respektíve na preverovanie rozličných foriem aké môžu bielkoviny vírusu nadobúdať.

Za projektom je skupina Pande Lab na čele s vedcami zo Stanfordu a konzorcium viacerých výskumných laboratórií. Od projektu sa samozrejme nedá očakávať, že priamo a v skorej dobe nájde liek, môže ale prispieť k zisteniu nových poznatkov. Úlohu projektu zhŕňa napríklad formulácia z nedávneho oznámenia "Vytvorili sme tiež viacero nových spoluprác s ďalšími laboratóriami, kde dúfame že Folding@home poskytne hodnotnú podporu výskumných snáh ohľadom COVID-19."

V polovici mesiaca vyzvala Nvidia hráčov aby sa zapojili do projektu a podľa aktuálne dostupných štatistík bolo v čase týchto štatistík aktívne zapojených celkovo 356.1 tisíc Nvidia GPU, 79.5 tisíc AMD GPU a 594 tisíc CPU s celkom 4.63 miliónmi jadier.

Softvér Folding@home je možné sťahovať z tejto stránky. Pri poskytnutí nevyužívaného výkonu GPU a CPU u súčasných produktov oproti behu počítača bez výraznejšej záťaže sa samozrejme výrazne zvyšuje spotreba PC, keď súčasné CPU a GPU majú v režime nečinnosti výrazne nižšiu spotrebu. Pri typickej cene elektrickej energie na Slovensku 10 Wattov nepretržitej spotreby stojí mesačne niečo viac ako 1 euro, v prípade najvýkonnejších GPU s TDP 250 W by reálna priemerná spotreba cca 250 Wattov navyše tak znamenala mesačnú spotrebu energie za rádovo 25 eur.

Projekt Folding@home umožňuje dobrovoľníkom poskytnutie výpočtového výkonu spustením softvéru projektu na zariadeniach rozličného typu, pričom využíva výkon CPU a GPU na PC, smartfónov a v minulosti aj PS3. Jeho dlhodobým cieľom je skúmanie formovania bielkovín pre účely hľadania liekov pre niektoré formy rakoviny a ďalšie choroby, napríklad Alzheimerovu a Huntingtonovu chorobu.




Najnovšie články:



Diskusia:

5znak Od: XMen | Pridané: 26.3.2020 9:34 Bohuzial ten client je cripleware. Nainstalovat sa mi podarilo iba clienta, lebo control sa na kubuntu nainstalovat neda (problemy s dependency, ktore sa nedaju vyriesit). Sice sa moze pouzit web rozhranie ale ani po 3 dnoch nestiahol ziadnu ulohu. Vlastne ani neviem ci naozaj fungoval. Radsej som presiel na rosettu a tam uz luskam jednu ulohu za druhou. Naviac na foldingu sa neda presne urcit aku chorobu ma prepocitavat, takze moze prepocitava aj parkinsona, alzeheimera a pod. Podla mna uplne nedotiahnuty software, infrastruktura a pod. Na BOINC sa to nechyta. Neviem preco tam ludia tak hufne utekaju. Odpovedať Známka: -2.6 Hodnotiť:

Re: 5znak Od: Robo10111 | Pridané: 26.3.2020 9:56 Nevies lebo si nerd co pouziva kubuntu. Odpovedať Známka: 3.0 Hodnotiť:

Re: 5znak Od: XMen | Pridané: 26.3.2020 10:43 Co uz. Ja mam rad KDE, lebo nie som jablckar co by ochkal nad gnome. Problemom je ze kubuntu uz nepouziva zastarale kniznice ako tento software. A este vacsi problem je, ze ani ten klient nefunguje, lebo si nic nestiahol. Odpovedať Známka: 5.0 Hodnotiť:

Re: 5znak Od: mnooo0 | Pridané: 26.3.2020 11:51 na to že nefunguje - ako vravíš, tak s ním dosiahli celkom slušný výpočtový výkon.. Odpovedať Známka: 10.0 Hodnotiť:

Re: 5znak Od: McUH | Pridané: 26.3.2020 12:47 Je ľahšie dosiahnuť nefungujúci výkon ako fungujúci. Odpovedať Známka: 3.3 Hodnotiť:

Re: 5znak Od: PjetroDePedro | Pridané: 26.3.2020 14:05 Kubuntu uz podporovane neni...preto ti to neslo Odpovedať Známka: 5.0 Hodnotiť:

Re: 5znak Od: ffdf | Pridané: 26.3.2020 14:13 čo to je za usera, ak si nevie základné veci zistiť o SW?? Odpovedať Známka: 10.0 Hodnotiť:

Re: 5znak Od: XMen | Pridané: 26.3.2020 14:11 Otazne je ci na tom vykone tolko uloh aj spustili alebo je to iba podla zaregnutych uzivatelov. Odpovedať Hodnotiť:

Re: 5znak Od: peeticek | Pridané: 26.3.2020 14:34 vykon tychto projektov sa rata priemerom poctu odovzdanych uloh za 24h vs vypoctova narocnost jednej WU.. Odpovedať Hodnotiť:

Re: 5znak Od: Asdf3 | Pridané: 26.3.2020 15:42 Do F@H sa nemusis regovat. Takze na zaklade toho urcite nie. Odpovedať Hodnotiť:

Re: 5znak Od: XMen | Pridané: 26.3.2020 16:01 No ale registruje sa klient, tak z toho som predpokladal, ze to tak bude. Mozno velke mnozstvo ludi s win tam robi kalkulacie ale co som cital tak s tym ma vela ludi aj problem. Mozno by teda mohli mat ja vacsiu kapacitu. Odpovedať Hodnotiť:

Re: 5znak Od: Samo2 | Pridané: 26.3.2020 21:28 No problém je v tom že nečakali tak veľký nápor a je to univerzitný projekt, pred pol rokom mali 100 PFLOPs teraz majú 1500 PFLOPs alebo 1,5 EFLOPs. Pracovné jednotky proste nestíhajú generovať všetky sa okamžite rozchytaju a vieš na ktorom projekte pracuješ až potom keď sa objaví pracovná jednotka a ty ju môžeš stiahnuť. Pokiaľ nenastavíš parkinsona alebo inú chorobu tak budeš pracovať default na korone lebo aktuálne prebiehajú len tie výpočty ak sám nechceš niečo iné. Inak pracujú na serveroch aby stíhali. "Notice your @foldingathome installation is idle? So many people have joined in to support our work on #COVID19 that our servers are struggling to keep up. We're continuing to get more online as quickly as we can. We still need your help, so please be patient with us. Please RT." To je tweet riaditeľa projektu https://twitter.com/drGregBowman/with_replies Odpovedať Známka: 10.0 Hodnotiť:

Re: 5znak Od: Asdf3 | Pridané: 26.3.2020 10:01 Tak sleduj co sa im deje. Narastol im pocet pripojenych minimalne 20 nasobne. Takze ich servery nezvladaju rozdelovat ulohy. Aj moj CPU vacsinou ulohu nedostane. GPU dostane. Win cient absolutne bez problemov, nainstaloval som a beha, aj si hodil GPU samostatne. Ked nevyberies chorobu ale das any tak prideluje vacsinou coronu lebo to je teraz priorita. Postupne prihadzuju servery na spravu ale nejde to zo dna na den hlavne ked je to v sprave zopar nadsenych vedcov. Plus to je aj o zadavani uloh ktore treba specialne pripravit a aj otestovat aby potom neboli problemy pri vypoctoch uz u klientov. Preto sa niektori zapajaju aj do beta testov u nich. Odpovedať Známka: 8.7 Hodnotiť:

Re: 5znak Od: XMen | Pridané: 26.3.2020 10:43 Ale 3 dni? Rosetta mi dala ulohu do par sekund. Odpovedať Známka: -3.3 Hodnotiť:

Re: 5znak Od: Spejbl | Pridané: 26.3.2020 10:45 Hmmm, najmä doma. A na akej kalkulačke to počítaš? Odpovedať Známka: 6.0 Hodnotiť:

Re: 5znak Od: idiot | Pridané: 26.3.2020 11:41 urcite na lepsej ako ty, a mohol by prestat zasierat kazdu diskusiu svojimi vykalmi Odpovedať Hodnotiť:

Re: 5znak Od: XMen | Pridané: 26.3.2020 11:46 Na takej slabuckej z i7-8565U. Odpovedať Známka: 3.3 Hodnotiť:

Re: 5znak Od: XMen | Pridané: 26.3.2020 11:58 Na takej slabuckej z i7-8565U. Odpovedať Hodnotiť:

Re: 5znak Od: Spejbl | Pridané: 26.3.2020 17:04 Tak keď si kúpiš nejaký lepší procesorík, daj vedieť. Ale stačí aj drobný príspevok. Odpovedať Hodnotiť:

Re: 5znak Od: Asdf3 | Pridané: 26.3.2020 12:48 Nadavat netreba ale mas pravdu, ze Rosetta teraz funguje lepsie. Aj mne hned dalo tasky. Mne idluje CPU uz vyse tyzdna. Na zaciatku to islo uplne v pohode (po prvom clanku tu na dsl.sk) Odpovedať Hodnotiť:

Re: 5znak Od: XMen | Pridané: 26.3.2020 14:13 Ja nenadavam, iba poukazujem, ze ten sw a infrastruktura su zastarane ako aj cely folding. Cakal som ze to lepsie vyuziju. Rozsiria infrastrukturu (co je pre nich lacne podla mna) a vyriesia bugy v clientovi a controlerovi. Odpovedať Hodnotiť:

Re: 5znak Od: Asdf3 | Pridané: 26.3.2020 15:43 Tak R@H alebo BOINC zaspali sirenie spravy, ze chcu aby sa ludia pripojili a toto prave lepsie zvladol F@H. Kazdy je v niecom inom lepsi. Odpovedať Hodnotiť:

Re: 5znak Od: .em | Pridané: 26.3.2020 11:33 aky je momentalne kurz corony voci euru? Odpovedať Známka: 6.0 Hodnotiť:

Re: 5znak Od: ffdf | Pridané: 26.3.2020 14:11 v Lidli jedna Corona extra stojí tak do 2 eur :-) Odpovedať Hodnotiť:

Re: 5znak Od: pivecko | Pridané: 26.3.2020 15:56 0,89 v Kon-Rade Odpovedať Hodnotiť:

Re: 5znak Od: peterse | Pridané: 26.3.2020 17:04 To neviem ale HUF je už nad 350. Odpovedať Hodnotiť:

Re: 5znak Od: rouen | Pridané: 26.3.2020 10:06 No veru, to by bola tragedia keby si omylom vypocital nieco na Alzheimera alebo rakovinu, len to nie! Odpovedať Známka: 10.0 Hodnotiť:

Re: 5znak Od: XMen | Pridané: 26.3.2020 10:44 Tragedia nie ale zbytocne vyhodene peniaze za elektrinu. Odpovedať Známka: -8.3 Hodnotiť:

Re: 5znak Od: Truhlár | Pridané: 26.3.2020 11:54 Ako k tomu príde taký onkopacient keď očakával že liek bude až za dva roky, musí teraz pomeniť všetky plány. Odpovedať Známka: 10.0 Hodnotiť:

Re: 5znak Od: Asdf3 | Pridané: 26.3.2020 10:07 Teraz maju vykon ako prvych 103 superpocitacov dokopy. To nie je take lahke na spravu uz. Odpovedať Známka: 10.0 Hodnotiť:

ultraradikalny gamerizmus Od: syntaxterrorXXX .X | Pridané: 26.3.2020 10:22 Presne tak. A výkon vírusu je stále väčší a nakoľko je sám sebe pánom, čiže na správu nemá žiadne požiadavky, používanie princípov džuda je priekazne zrejmé. Odpovedať Známka: 0.0 Hodnotiť:

Re: 5znak Od: XMen | Pridané: 26.3.2020 10:45 Ja som sa tam pripajal ked nemali ani polovicu. Chapem ich ale sami musia vidiet, ze musia rozsirit infrastrukturu. Preto ako vhodnejsi sa javi Rosetta projekt. Ked to nestihaju, preco ludi neposlu na BOINC aby sa ten vykon vyuzil? Odpovedať Známka: 4.3 Hodnotiť:

Re: 5znak Od: Moriaks | Pridané: 26.3.2020 11:52 Konkurenčný boj je viac ako ohrozenie. V lekárni keď im dôjdu niektoré lieky tak ti tiež povedia aby si sa prišiel spýtať o týždeň, pritom vedia že konkurencia ten liek má už dnes. Odpovedať Hodnotiť:

ultraradikalny fakticizmus Od: syntaxterrorXXX .X | Pridané: 26.3.2020 9:34 Podľa mňa netreba vylučovať možnosť, že pokiaľ by existenciu koronavírusu verejne potvrdil i nejaký nezávislý slobodný vedec, aby bolo jasné, že karanténou skutočne nejde o spiknutie všetkéhoschopných žiarlivých partnerov, bol by priekazne rádovo väčší. Odpovedať Známka: -4.5 Hodnotiť:

Re: ultraradikalny fakticizmus Od: 65432122 | Pridané: 26.3.2020 10:02 Ale ja nemám partnera :( To je nefér. Odpovedať Hodnotiť:

Re: ultraradikalny fakticizmus Od: Čvejk zo Starvars | Pridané: 26.3.2020 11:56 Nebuďte Bláhovej človječe Odpovedať Hodnotiť:

na zamyslenie Od: cvk | Pridané: 26.3.2020 10:04 Ako je to v tychto pripadoch s intelektualnym vlastnictvom? Vyskum koordinuje nejaka univerzita a su tam zainteresovane aj sukromne firmy. Ak sa za nezistnej pomoci dobrovolnikov podari vyvynut liecivo, budu si ho patentovat tieto firmy a univerzita - x rokovh ochrany generickych lieciv, alebo vysledky daju k dispozicii vsetkym vyrobcom? Inymi slovami, bude tych par firiem zarabat na vysledkoch prace kde pomahali aj dobrovolnici? Odpovedať Hodnotiť:

Re: na zamyslenie Od: Asdf3 | Pridané: 26.3.2020 10:05 Mno mas pravdu. Ale ked vysledkom bude, ze sa liek/vakcina najde o pol roka skor tak sa ti to neoplati? Odpovedať Známka: 3.3 Hodnotiť:

Re: na zamyslenie Od: peeticek | Pridané: 26.3.2020 10:13 vlastnikov vysledkov je univerzita.. Ak ti to neni sympaticke, odporucam napr rosetta@home projekt pod boincom. Oni robia zakladny vyskum. Pripadne gpugrid.net pre gpu. ja myslim , ze v sucasnej dobe by US zatlacili silno na uni, aby patent na nejaky cas neuplatnovali. USA tiez zapojili 19supercomputerov na covid.. Odpovedať Hodnotiť:

Re: na zamyslenie Od: peeticek | Pridané: 26.3.2020 10:14 WASHINGTON, D.C. — Tonight, President Donald J. Trump announced a new, unique public-private consortium, spearheaded by the White House Office of Science and Technology Policy (OSTP), the U.S. Department of Energy (DOE), and IBM, including government, industry, and academic leaders to unleash the power of America’s supercomputing resources to combat COVID-19. The launch of the COVID-19 High Performance Computing Consortium will provide COVID-19 researchers with access to the world’s most powerful high performance computing resources that can significantly advance the pace of scientific discovery in the fight to stop the virus. Odpovedať Hodnotiť:

Re: na zamyslenie Od: peeticek | Pridané: 26.3.2020 10:15 We are currently providing broad access to portions of 16 supercomputing systems, representing over 330 petaflops, 775,000 CPU cores, and 34,000 GPUs. Their basic specifications are described below. Additional resources will be added as our consortium grows; please check back for updates. Odpovedať Hodnotiť:

Re: na zamyslenie Od: XMen | Pridané: 26.3.2020 10:46 Nie som si uplne isty ale ktosi pisal, ze vysledky Folding@home budu patrit univerzite a USA a vysledky od Rosetta su v podstate opensource, takze ich moze vyuzit kto chce. Odpovedať Známka: 10.0 Hodnotiť:

TFLOPs vs x86 TFLOPs Od: peeticek | Pridané: 26.3.2020 10:08 preco neuvadzate x86 TFLOPsy? 1.5Eflops aktualne.. Odpovedať Hodnotiť:

Re: ahaaaa Od: Robo10111 | Pridané: 26.3.2020 10:11 Mali by na tom vykone tazit BTC a potom za tie peniaze kupit vlasny superpocitac :D Odpovedať Známka: 1.4 Hodnotiť:

Re: ahaaaa Od: BTC power | Pridané: 26.3.2020 11:49 alebo rúška, testy a pľúcne ventilácie :D Odpovedať Hodnotiť:

liek na koronu Od: cpu | Pridané: 26.3.2020 11:15 Pacientom s novým Covid-19 od prvého do 16. marca každý deň podávali 600mg antimalarika zvaného hydroxychlorochín a v nemocničnom prostredí skúmali vírusovú záťaž vďaka nosohltanovým výterom. „V závislosti od ich stavu sme im k liečbe pridávali antibiotikum azitromycín," píše sa v štúdii. Vedci v štúdii spracovali celkovo 20 prípadov. „Liečení pacienti v šiesty deň vykazovali významné zníženie vírusu a omnoho nižší priemerný čas trvania prenosu, než ako to bolo u osôb, ktoré sa takto neliečili," uvádza štúdia. „Za kľúčové považujeme pridanie azitromycínu k hydroxychlorochínu. Aj napriek malej vzorke výskum ukazuje, že kombinácia týchto dvoch liekov znižuje, ba dokonca aj likviduje vírusovú záťaž Covidu-19," hodnotí štúdia. Odpovedať Hodnotiť:

Re: liek na koronu Od: Twixie_ | Pridané: 26.3.2020 13:15 A vďaka tomu to šíreniu skorých pokusov sa otrávili ludia čističom na akvária lebo obsahoval chlorochín. Odpovedať Hodnotiť:

Re: liek na koronu Od: ASD_SK | Pridané: 26.3.2020 14:19 To je dlho známmy fakt a poznám človeka čo sa pripravil, ale tie lieky nie su lentilky a nemožeš to sypať do každého. Majú dosť negtívných vplyvov a mali by sa použiť len ako krajná možnosť. Odpovedať Hodnotiť:

Re: liek na koronu Od: peterse | Pridané: 26.3.2020 17:06 Toxicity from hydroxychloroquine may be seen in two distinct areas of the eye: the cornea and the macula. The cornea may become affected (relatively commonly) by an innocuous cornea verticillata or vortex keratopathy and is characterized by whorl-like corneal epithelial deposits. These changes bear no relationship to dosage and are usually reversible on cessation of hydroxychloroquine. The macular changes are potentially serious. Advanced retinopathy is characterized by reduction of visual acuity and a "bull's eye" macular lesion which is absent in early involvement. Odpovedať Hodnotiť:

Re: liek na koronu Od: peterse | Pridané: 26.3.2020 17:08 The most common adverse effects are a mild nausea and occasional stomach cramps with mild diarrhea. The most serious adverse effects affect the eye, with dose-related retinopathy as a concern even after hydroxychloroquine use is discontinued.[2] For short-term treatment of acute malaria, adverse effects can include abdominal cramps, diarrhea, heart problems, reduced appetite, headache, nausea and vomiting.[2] Odpovedať Hodnotiť:

exaflop sem exaflop tam Od: VitaminX | Pridané: 26.3.2020 11:48 Pri mojom výkone mi na nejakom tom exaflope už ani nezáleží Odpovedať Hodnotiť:

Team: Slovakia (Team Id 124) Od: Tralalak | Pridané: 26.3.2020 12:36 apps.foldingathome.org/teamstats/team124.html Odpovedať Známka: 10.0 Hodnotiť:

Podobne funguje aj Rosetta@home Od: Rudolf Dovičín | Pridané: 26.3.2020 16:55 https://BOINC.BakerLab.org/ Odpovedať Hodnotiť:

do toho Od: bluelake358 | Pridané: 26.3.2020 19:54 tiez som sa zapojil.. som doma, takze jeden pocitac rata, ak na nom prave nerobim. Akurat nechal som nastavenie any disease, boj proti vsetkym tym chorobam ma zmysel. Odpovedať Hodnotiť:

Rosseta a gpugrid. ..@home cez Boinc Od: Ignacius | Pridané: 27.3.2020 6:24 Neviem, tiez sa mi nepodarilo rozumne zapojit folding@home na ubuntu. Nesli mi tam RTX 1080 karty. Boinc isiel hned. Gpugrid si bere dve vlakna a grafiky. Rosseta si berie ostatne. Nastavil som to na plny chod. Nema to efekt na beznu pracu. Vypinam len vecer na chvilu, ked si idem zahrat CSko. Odpovedať Hodnotiť:

Re: Rosseta a gpugrid. ..@home cez Boinc Od: Ignacius | Pridané: 27.3.2020 6:37 Štatistika gpugrid shorturl.at/avHT2 Štatistika rosetta shorturl.at/sAU24 Odpovedať Hodnotiť:

Re: Rosseta a gpugrid. ..@home cez Boinc Od: Jobs | Pridané: 27.3.2020 8:11 CPU trochu uber a daj si ešte jednu grafiku do stroja. Odpovedať Hodnotiť:

Za proruske Slovensko! Od: proruskySlavien | Pridané: 27.3.2020 9:12 Koronavirus ide polozit slovensku ekonomiku, Matovic coskoro skonci, ludia ho budu za chvilu hnat prec, buducnost je Robert Fico, Lubos Blaha, Marian Kotleba a Stefan Harabin. EU a Nato pri korone zlyhali preto by sme mali urychlene opustit tieto struktury a vratit sa na Vychod do ruskej zony vplyvu k nasim ruskym a bielroruskym bratom. Odpovedať Známka: -3.3 Hodnotiť:

Re: Za proruske Slovensko! Od: XMen | Pridané: 27.3.2020 10:00 Odpal troll Odpovedať Známka: 4.3 Hodnotiť:

ultraradikalny fakticizmus Od: syntaxterrorXXX .X | Pridané: 27.3.2020 10:16 Každý, kto píše pravdu, nemusí byť priekazne hneď troll! Odpovedať Známka: 0.0 Hodnotiť:

Re: ultraradikalny fakticizmus Od: trwter | Pridané: 27.3.2020 17:45 v proruskej komunite sa priekazne hovori "prauda" a nie "pravda". Odpovedať Známka: 3.3 Hodnotiť:

Re: Za proruske Slovensko! Od: Hurvajs | Pridané: 28.3.2020 3:07 A čo toto: https://lnk.sk/wV48 Odpovedať Hodnotiť:

??? 768 Teraflopov Od: sporubcan | Pridané: 28.3.2020 8:53 Nie je 768 TeraFlopov nejaka chybna hodnota? Lebo 1 TeraFlop ma moja stara grafika HD4850. Asi mysleli PetaFlop... Odpovedať Hodnotiť:

Pridať komentár